Chaque production est spécifique et implique des enjeux particuliers auxquels les producteurs doivent faire face. L’ensemble de ces enjeux montre qu’il est nécessaire de trouver des moyens pour réduire durablement la dépendance des systèmes de culture à l'usage des produits phytopharmaceutiques. 

Six enjeux ont été déterminés; ils sont d'ordre:

• économique
• environnementaux
• réglementaire
• sanitaire et de qualité
• socio-territorial
• techniques