Le sclérotinia et les maladies de fin de cycle (oïdium, mycosphaerella, pseudocercosporella, alternaria) peuvent être très préjudiciables au colza. Mais la lutte contre ces maladies ne peut être que préventive. Elle repose donc sur les dispositifs d'observation mis en place dans chaque région et les bulletins de santé du végétal (BSV). Dans ce cadre, des techniciens, réalisent des kits pétales qui permettent de déterminer le pourcentage de fleurs contaminées par le sclérotinia en début de floraison, indicateur du risque de la maladie.